El Celali, al tratarse de una dirección del Coneculta, inicia sus funciones con 62 trabajadores; hombres y mujeres procedentes de los diferentes grupos lingüísticos de Chiapas, además de hablantes del castellano.
El organigrama estaba conformado por la Dirección, Delegación Administrativa, y tres departamentos, de Lenguas y Traducciones, Promoción Cultural y Departamento de Investigación de Literatura y Arte. A partir del 19 de julio de 1997, el Celali se hace cargo en dar continuidad a diversos proyectos iniciados durante ese mismo año en la UNICACH, específicamente del Departamento de Culturas Étnicas y de la Secretaría de Atención a los Pueblos Indígenas; proyectos que en lo subsecuente estarían bajo la planeación, ejecución y evaluación del Celali. Estos proyectos fueron discutidos para ser replanteados a la brevedad, y así poder alcanzar a través de ellos cobertura en la atención cultural y lingüística a los pueblos originarios.
Para 1998 el Celali ejecutó 34 proyectos aproximadamente, por mencionar algunos:
Con los resultados alcanzados por estos proyectos, se fue conociendo y sabiendo en el contexto estatal, nacional, incluso internacional de la cultura y las lenguas de estos pueblos.
Fueron los primeros pasos de esta lucha para salir de la exclusión, explotación y la negación. A la fecha, en este año 2021 está por realizarse el XXX Festival maya zoque, a través del cual se ha posibilitado el diálogo entre los mismos pueblos indígenas. Mediante los diversos talleres de Artes, hoy es posible disfrutar de las obras artísticas en literatura y pintura de hombres y mujeres mayas y zoques: Mikeas Sánchez Gómez, Enriqueta Lunez, Juana Peñate Montejo, José Trinidad Cordero, Marceal Méndez Pérez, Josías López Gómez, Armando Sánchez, Manuel Bolom, Adriana del Carmen López Sántiz, un minúsculo número de los tantos que han pasado por el Celali y ser formados en este rubro. También durante estos años, han sido publicados más de 200 títulos a través del formato de libros, revistas, Cds, principalmente; siendo el primero de ellos Narrativa maya-zoque: Lo'il k'op yu'un maya-zoke, se trata de una antología que recupera la tradición oral de los diversos pueblos indígenas, publicado en 1997, hasta llegar a las publicaciones más recientes que son los manuales de enseñanza que derivan de la experiencia de los cursos de enseñanza de lenguas indígenas mismos que se ejecutan desde 1998. Es así como el Celali va tejiendo su caminar, de esta manera contribuyendo a recuperar y levantar la voz de estos pueblos, podría parecer mucho lo hecho, en realidad aún queda mucho por hacer pues en 24 años de estar haciendo, no puede contrarrestar el daño histórico causado durante más de 500 años.